В настоящее время в ЮФУ ведется образовательная деятельность в 7 филиалах:

Филиал ФГОУ ВПО <Южный федеральный университет>
в г. Геленджике Краснодарского края


Филиал ФГОУ ВПО <Южный федеральный университет>
в г. Георгиевске Ставропольского края


Филиал ФГОУ ВПО <Южный федеральный университет>
в г. Ейске Краснодарского края


Филиал № 2 ФГОУ ВПО <Южный федеральный университет>
в г. Туапсе Краснодарского края


Филиал ФГОУ ВПО <Южный федеральный университет>
в г. Черкесске Карачаево-Черкесской Республики


Филиал ФГОУ ВПО <Южный федеральный университет>
в г. Элисте Республики Калмыкия